阴茎根部有时隐隐作痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因：
1.阴茎外伤：阴茎受到直接的外力撞击、挤压或损伤，可能导致阴茎根部疼痛。
2.感染：细菌、病毒或其他病原体感染，如尿道炎、前列腺炎、附睾炎等，可能引起阴茎根部疼痛。
3.阴茎硬结症：一种良性疾病，阴茎海绵体纤维化，可导致阴茎弯曲和疼痛。
4.精索静脉曲张：精索内的静脉回流受阻，导致精索蔓状静脉丛迂曲、伸长和扩张，阴囊内形成蚯蚓状的团块，可引起阴茎根部疼痛。
5.其他原因：阴茎根部的神经病变、阴茎血管疾病、阴茎肿瘤等也可能导致疼痛。
如果阴茎根部疼痛持续或加重，或伴有其他症状，如尿频、尿急、尿痛、排尿困难、发热等，应及时就医。医生会进行详细的身体检查和必要的实验室检查，以确定疼痛的原因，并制定相应的治疗方案。
在就诊之前，应注意以下几点：
1.避免自行用药：不要自行使用止痛药或抗生素，以免掩盖症状或导致不良反应。
2.保持阴茎清洁：保持阴茎清洁，避免过度摩擦和刺激。
3.注意休息：避免过度劳累和长时间站立或坐着。
4.避免性行为：在疼痛未缓解之前，避免性行为，以免加重症状。
需要注意的是，阴茎根部疼痛也可能是某些严重疾病的症状，如阴茎癌等。因此，如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时就医，以便早期诊断和治疗。对于特殊人群，如老年人、糖尿病患者、免疫功能低下者等，阴茎根部疼痛更应引起重视，因为他们更容易患上感染或其他疾病。