治疗肠炎的药物有多种，常用的如蒙脱石散，它能吸附肠道内的毒素和病菌，起到止泻作用，一般成人一次服用1袋（3克），儿童按年龄减量服用。
抗炎类药物
氨基水杨酸制剂： 柳氮磺吡啶是常见的氨基水杨酸制剂，适用于轻、中度溃疡性结肠炎。它在肠道内分解为磺胺吡啶和5 - 氨基水杨酸，5 - 氨基水杨酸可抑制炎症介质的产生。糖皮质激素： 如泼尼松，对于重型活动性结肠炎有较好的抗炎作用。它能抑制免疫反应，减轻炎症，但长期使用可能会有较多副作用，需在医生严密监测下使用。
微生态制剂
双歧杆菌制剂： 像双歧杆菌四联活菌片，可调节肠道菌群，补充肠道有益菌，抑制有害菌的生长繁殖，有助于改善肠炎引起的肠道菌群失调问题。一般成人一次服用2 - 3片，儿童减量。地衣芽孢杆菌制剂： 地衣芽孢杆菌活菌胶囊也是常用的微生态制剂，能促进肠道有益菌生长，拮抗病原菌，对肠炎导致的肠道功能紊乱有一定的调节作用，成人一次服用1 - 2粒。
解痉止痛类药物
阿托品： 能缓解肠道痉挛引起的疼痛，但青光眼患者禁用。它通过阻断M胆碱受体，松弛肠道平滑肌。颠茄片： 也可用于缓解肠炎引起的肠痉挛性疼痛，同样青光眼患者禁用，它能抑制胃肠道平滑肌的痉挛。
针对病因的药物
感染性肠炎的抗菌药物： 如果是细菌感染引起的肠炎，根据药敏试验可选用相应抗生素，如大肠杆菌感染可选用诺氟沙星，但18岁以下青少年禁用诺氟沙星，可选用其他合适的抗生素；如果是病毒感染引起的肠炎，一般以对症治疗为主，不需要使用抗菌药物。寄生虫感染导致的肠炎药物： 如为阿米巴原虫感染引起的肠炎，可选用甲硝唑进行治疗，甲硝唑能杀灭阿米巴原虫，但孕妇及哺乳期妇女禁用。