胚胎停止发育的原因较多，其中染色体异常是常见原因之一，大约50%~60%的早期胚胎停止发育是由于染色体异常导致的，包括数目异常和结构异常。
母体因素
内分泌异常： 如黄体功能不全，研究发现，约有20%~25%的复发性流产与黄体功能不全有关。母体甲状腺功能异常也会影响胚胎发育，甲状腺功能减退时，会导致代谢紊乱，影响胚胎的正常生长。子宫异常： 子宫畸形，像纵隔子宫、双角子宫等，会影响胚胎着床和发育空间。子宫内膜息肉、宫腔粘连等也会干扰胚胎着床，降低胚胎发育的成功率。
父亲因素
精子质量问题： 男性精子染色体异常会增加胚胎停止发育的风险。据统计，精子染色体异常率约为3%~5%，异常的精子与卵子结合后形成的胚胎，容易出现发育异常。
环境因素
化学物质接触： 长期接触铅、汞、苯等有毒化学物质，会影响胚胎的正常发育。例如，在某些化工行业工作的人群，胚胎停止发育的发生率相对较高。辐射暴露： 孕妇接触过量的放射性物质，如长时间处于X射线辐射环境中，会损伤胚胎的细胞，导致胚胎停止发育。一般来说，孕妇接受超过一定剂量的辐射就可能有风险。