胚胎停止发育的原因较多，据相关统计，约50% - 60%的胚胎停止发育与染色体异常有关。
染色体因素：
胚胎自身染色体异常： 受精卵在形成过程中，染色体发生了数目或结构的异常，这是早期胚胎停止发育最常见的原因之一。比如常见的三体综合征等情况，胚胎无法正常发育成长。父母染色体异常： 如果父母双方有一方存在染色体平衡易位等异常情况，也可能传递给胚胎，导致胚胎染色体异常，进而引发胚胎停止发育。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎发育至关重要。例如黄体功能不全，会使得孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，大约有30% - 40%的胚胎停止发育与黄体功能不全有关。甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都会影响胚胎的正常发育进程。全身性疾病： 孕妇患有严重的全身性疾病，如糖尿病未控制好、高血压、心脏病心功能不全等，会影响胎盘的血液供应和营养物质的输送，从而影响胚胎发育，导致胚胎停止发育。
子宫因素：
子宫解剖结构异常： 子宫畸形，像纵隔子宫、单角子宫等，会影响胚胎的着床和生长空间。子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变宫腔内环境，阻碍胚胎发育。宫腔粘连也会影响胚胎着床，导致胚胎停止发育。子宫内膜病变： 子宫内膜过薄或者过厚，都不利于胚胎着床。子宫内膜炎等病变会影响子宫内膜的容受性，使得胚胎难以着床发育。
免疫因素：
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体等自身抗体，会导致胎盘血管血栓形成，影响胎盘的血供，使胚胎缺血缺氧，进而引发胚胎停止发育。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应过强，也可能导致胚胎停止发育。比如封闭抗体缺乏等情况，使得母体不能正常耐受胚胎，从而发生免疫排斥。