多囊卵巢综合征的病因目前尚未完全明确，可能与遗传因素和环境因素相互作用有关。有研究显示，约60%~70%的多囊卵巢综合征患者存在遗传易感性。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么女性患该病的风险会增加。比如母亲患有多囊卵巢综合征，其女儿患病的概率比正常人群要高很多。研究发现，遗传因素在多囊卵巢综合征的发病中占比较大，可能是多基因遗传的方式。
内分泌因素影响
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）脉冲频率异常，会导致垂体分泌的促黄体生成素（LH）升高，促卵泡生成素（FSH）降低，LH/FSH比值升高。正常情况下LH与FSH的比值一般小于2~3，而多囊卵巢综合征患者往往这个比值会大于2~3，这种失衡会影响卵巢的正常排卵功能，导致卵泡发育障碍，不能正常排卵，进而引起一系列内分泌紊乱的表现，如月经不调、多毛等。胰岛素抵抗与高胰岛素血症： 约50%~70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。胰岛素抵抗是指机体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多的胰岛素，从而出现高胰岛素血症。高胰岛素血症会刺激卵巢间质和卵泡膜细胞分泌雄激素，导致雄激素水平升高，进一步抑制卵泡发育和排卵，加重多囊卵巢的病理状态。
环境因素作用
生活方式因素： 长期的高热量饮食、缺乏运动等不良生活方式也是诱发多囊卵巢综合征的重要环境因素。例如，长期摄入高糖、高脂肪食物，会使身体处于代谢紊乱状态，容易引发胰岛素抵抗，增加患病风险。研究表明，体重超重或肥胖的人群中多囊卵巢综合征的发生率明显高于体重正常人群，肥胖会通过影响内分泌系统，促进雄激素分泌，干扰正常的排卵过程。精神压力因素： 长期处于高压力状态下，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能。精神压力可通过神经内分泌途径影响激素分泌，导致激素失衡，从而增加患多囊卵巢综合征的可能性。比如一些长期面临工作压力大、精神紧张的女性，患病几率相对较高。