呆小症主要是由于甲状腺激素合成或分泌不足导致的。胎儿期或新生儿期甲状腺激素缺乏是引发呆小症的关键原因。其中，先天性因素是重要诱因，比如孕妇饮食中缺碘，就会使胎儿在宫内获取的碘不足，影响甲状腺激素合成，约有1/3的呆小症患儿是因母体孕期碘缺乏所致。
先天性因素导致
甲状腺发育异常： 胎儿在发育过程中，甲状腺组织发育不全或不发育，这会直接导致甲状腺激素分泌严重不足。据统计，约5% - 10%的呆小症患儿存在甲状腺发育异常的情况。遗传代谢缺陷： 某些遗传基因突变会影响甲状腺激素合成相关的酶的功能，使得甲状腺激素无法正常合成。例如，甲状腺过氧化物酶缺陷等遗传代谢性疾病，会阻碍甲状腺激素的合成过程，进而引发呆小症。
母体因素影响
孕期碘摄入不足： 孕妇在怀孕期间如果碘摄入不够，会使体内甲状腺激素合成原料缺乏。因为碘是合成甲状腺激素的重要原料，孕妇每日需碘量约为175 - 200微克，若摄入不足，就会影响胎儿甲状腺激素的合成，从而增加胎儿患呆小症的风险。孕期服用抗甲状腺药物： 孕妇在孕期如果因自身疾病服用了一些抗甲状腺药物，这些药物可能会通过胎盘影响胎儿甲状腺激素的合成，导致胎儿甲状腺功能受抑制，引发呆小症。
其他可能因素
新生儿甲状腺功能低下： 新生儿出生后，自身甲状腺功能可能出现暂时性低下情况，如果没有及时发现并进行治疗，也可能发展为呆小症。这种暂时性甲状腺功能低下可能与新生儿自身甲状腺发育的暂时不成熟等因素有关。环境辐射影响： 孕妇在孕期如果接触过多的环境辐射，可能会损伤胎儿甲状腺组织，影响甲状腺激素的合成，虽然这种情况相对较少见，但也是导致呆小症的一个潜在因素。