呆小症主要是由于甲状腺激素合成或分泌不足导致的，其中最常见的原因是母体孕期碘缺乏。据统计，孕妇碘缺乏会使胎儿甲状腺激素合成不足的概率显著增加。
母体因素导致
孕期碘摄入不足： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，孕妇在孕期如果碘摄入不足，就无法为胎儿提供足够的碘来合成甲状腺激素。比如孕妇长期食用含碘量极低的食物，就容易出现这种情况。甲状腺发育异常： 母体在孕期如果自身患有某些影响甲状腺发育的疾病，也可能导致胎儿甲状腺发育异常，进而影响甲状腺激素的合成。例如母体患有自身免疫性甲状腺疾病，可能会干扰胎儿甲状腺的正常发育。
胎儿自身因素
甲状腺激素合成酶缺陷： 胎儿自身的甲状腺激素合成酶出现缺陷时，会影响甲状腺激素的合成过程。这种酶缺陷可能是遗传因素导致的，胎儿从父母那里遗传了异常的相关基因，使得甲状腺激素合成出现障碍。甲状腺缺如或异位： 胎儿的甲状腺可能完全缺如，或者异位生长，这都会影响甲状腺激素的正常分泌。甲状腺缺如就是胎儿根本没有正常发育出甲状腺组织，异位则是甲状腺长到了不正常的位置，无法正常发挥功能。
其他因素
早产影响： 早产儿由于各器官发育尚不完善，包括甲状腺功能，也更容易出现甲状腺激素不足的情况，从而增加患呆小症的风险。一般来说，胎龄越小的早产儿，发生这种情况的可能性相对越高。药物干扰： 孕期如果孕妇服用了某些可能影响胎儿甲状腺功能的药物，也可能导致胎儿呆小症。比如孕妇服用了一些抗甲状腺药物，就有可能干扰胎儿甲状腺激素的合成与分泌。