治疗直肠炎的药物有多种，常见的如氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，它能在肠道内分解出5-氨基水杨酸，起到抗炎作用，一般可用于轻中度直肠炎的治疗。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 通过在肠道分解发挥抗炎功效，对轻中度直肠炎有一定疗效，能缓解腹泻、黏液脓血便等症状，但可能会引起恶心、呕吐等胃肠道不适。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂，有多种剂型，如栓剂、肠溶片等。栓剂可直接作用于直肠部位，局部抗炎效果较好；肠溶片则通过口服后在肠道释放药物发挥作用。
糖皮质激素药物
氢化可的松栓剂： 属于局部用糖皮质激素，能快速减轻直肠炎症的充血、水肿等症状，缓解直肠炎带来的不适，但长期使用可能会有局部刺激等不良反应，一般适用于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度直肠炎患者。布地奈德灌肠剂： 局部应用糖皮质激素，主要作用于肠道局部，全身副作用相对较小，可用于直肠炎的治疗，能有效减轻炎症反应，但使用时需注意可能出现的局部刺激等情况。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于一些重度或对糖皮质激素治疗效果不佳的直肠炎患者，它通过抑制免疫反应来发挥作用，但起效相对较慢，而且可能会有骨髓抑制等不良反应，使用过程中需要定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制类似，也可用于直肠炎的治疗，尤其适用于一些病情较为复杂的患者，但同样要注意其可能带来的不良反应，如肝毒性等。