治疗直肠炎常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。一般来说，根据病情不同，用药方案也有差异。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，它在肠道内分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸能抑制前列腺素合成，减轻炎症反应。适用于轻、中度直肠炎患者。美沙拉嗪： 也属于氨基水杨酸制剂，有灌肠剂等剂型，对于直肠炎局部炎症控制效果较好，能直接作用于直肠病变部位，缓解腹泻、黏液脓血便等症状。
糖皮质激素相关药物
氢化可的松： 可通过静脉滴注等方式用于直肠炎的治疗，能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有一些副作用，如免疫力下降等，所以一般在病情较重时短期应用。泼尼松龙： 属于口服的糖皮质激素，对于中度及重度的直肠炎有一定的治疗作用，通过调节机体的免疫反应来减轻炎症，但使用时需密切关注可能出现的不良反应，像骨质疏松等问题。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片： 可以调节肠道菌群，直肠炎患者肠道菌群往往失调，补充双歧杆菌等有益菌有助于恢复肠道正常菌群环境，改善肠道功能，缓解因肠道菌群紊乱引起的不适症状。枯草杆菌二联活菌颗粒： 同样能调节肠道菌群，它含有枯草杆菌和肠球菌等有益菌，对于直肠炎导致的肠道功能紊乱有一定的调节作用，帮助维持肠道的微生态平衡。
抗生素类药物
甲硝唑： 如果直肠炎是由厌氧菌感染引起的，可使用甲硝唑。它能抑制厌氧菌的生长繁殖，从而减轻炎症。不过使用时要注意可能出现的胃肠道不适等副作用。环丙沙星： 属于喹诺酮类抗生素，对于一些细菌感染导致的直肠炎有一定的抗菌作用，但要注意该药物对于18岁以下人群可能会影响软骨发育，所以儿童等特殊人群使用需谨慎。