判断生化妊娠可以从症状表现、血液检查以及超声检查等方面入手。一般来说，生化妊娠时可能会有阴道流血，出血量和平时月经量相似或稍多，大概持续3 - 7天左右。
症状表现方面
阴道流血情况：生化妊娠时，阴道会有出血现象，通常出血时间和月经量相当，可能持续3 - 7天。有些女性可能会误以为是月经来潮，但和正常月经相比，可能在流血量、持续时间上有细微差别，但这只是初步的判断依据。是否有腹痛：部分女性可能会有轻微腹痛，不过腹痛症状一般不明显，和正常来月经时的轻微坠胀感有相似之处，但如果腹痛较为剧烈，那就需要进一步排查其他问题了。
血液检查方面
人绒毛膜促性腺激素（hCG）变化：通过抽血检测hCG，正常怀孕时hCG会隔日翻倍增长。而生化妊娠时，hCG水平较低，而且不会出现隔日翻倍的情况，一般在怀孕后的早期，hCG值上升缓慢，之后会逐渐下降。例如，正常怀孕4 - 5周时hCG通常在1000 - 50000IU/L左右，而生化妊娠时hCG可能达不到这个增长幅度，之后会慢慢降低到正常范围。hCG数值水平：生化妊娠时，hCG的值一般不会很高，通常小于2000IU/L左右。如果检测到hCG有升高，但又没有达到正常宫内妊娠的水平，就要考虑生化妊娠的可能。
超声检查方面
宫内情况：进行超声检查时，在宫腔内看不到妊娠囊。因为生化妊娠是受精卵没有着床成功，所以子宫内不会有正常的妊娠组织，通过超声检查可以排除宫内妊娠的情况，从而辅助判断是否为生化妊娠。宫外情况：同时超声检查也会观察宫外是否有异常包块等情况，排除宫外孕等其他妊娠相关疾病，进一步确定是生化妊娠。比如超声检查显示宫外没有异常的妊娠征象，结合血液hCG等情况，就更支持生化妊娠的诊断。