经常扁桃体发炎多是由病原体感染、自身免疫因素等引起。一般来说，人体抵抗力下降时，容易让病原体有机可乘导致扁桃体发炎，比如儿童扁桃体炎发病率相对较高。
病原体感染因素
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可引发扁桃体发炎。这些细菌常隐藏在人的鼻咽部，当人体劳累、受凉等导致抵抗力降低时，它们就会大量繁殖，侵袭扁桃体引发炎症。病毒感染： 像EB病毒、鼻病毒、腺病毒等病毒感染也会引起扁桃体发炎。例如腺病毒感染引起的扁桃体炎，往往起病较急，可能伴有发热、咽痛等症状，而且病毒感染有时还会合并细菌感染，加重病情。
自身免疫相关因素
免疫力低下： 本身免疫力较差的人，比如长期营养不良、过度劳累、缺乏运动的人，扁桃体抵御病原体的能力减弱，就容易频繁发炎。尤其是儿童，他们的免疫系统还在发育阶段，相对更易受影响，据统计，儿童扁桃体发炎的发生率比成年人要高一些。变态反应： 有些人属于过敏体质，当接触到某些过敏原后，可能会引发变态反应，导致扁桃体发生免疫反应性炎症。比如对空气中的花粉、尘螨等过敏，接触后可能出现扁桃体充血、肿胀，进而发炎。
局部因素影响
邻近器官炎症波及： 当咽部周围的器官有炎症时，容易波及扁桃体引发发炎。比如鼻窦炎、咽炎等，炎症蔓延可能累及扁桃体。例如鼻窦炎患者，鼻窦的炎症分泌物倒流刺激扁桃体，就可能导致扁桃体反复发炎。扁桃体隐窝引流不畅： 扁桃体上有许多隐窝，如果隐窝引流不畅，窝内就容易残留病原体、脱落上皮细胞等，为细菌滋生提供了温床，长期下去就容易反复引发扁桃体发炎。比如隐窝口被堵塞，里面的物质无法正常排出，就容易导致炎症反复发作。