扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中最常见的是A组乙型溶血性链球菌，约占病原微生物感染的60%左右。
感染因素导致扁桃体发炎
细菌感染： 像A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体发炎很常见的细菌。此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能导致扁桃体发炎。这些细菌通常在人体抵抗力下降时，比如劳累、受凉后，容易侵入扁桃体引发炎症。病毒感染： 病毒也是重要的致病因素，比如EB病毒、鼻病毒、腺病毒等都能引起扁桃体发炎。以腺病毒为例，它感染后可能会在1 - 2周内引发扁桃体发炎，出现咽部疼痛、发热等症状。
免疫力低下引发扁桃体发炎
自身免疫力差： 当人体自身免疫力较弱时，比如长期营养不良、过度劳累等情况，身体抵御病原微生物的能力下降，就更容易让扁桃体受到病原体侵袭而发炎。例如长期熬夜的人，身体免疫力会降低，相对来说患扁桃体发炎的几率就比作息规律的人高。年龄因素： 儿童时期扁桃体是免疫器官，相对比较活跃，但自身免疫力还不完善，所以儿童更容易发生扁桃体发炎。而老年人随着年龄增长，免疫力逐渐衰退，也较容易出现扁桃体发炎的情况。
邻近器官感染蔓延所致
鼻炎、鼻窦炎蔓延： 鼻腔和鼻窦与扁桃体位置邻近，如果患有鼻炎、鼻窦炎，鼻腔内的炎症容易蔓延到扁桃体。比如鼻炎患者鼻腔分泌物增多，其中的病原体可能会扩散到扁桃体，引发扁桃体发炎。咽炎波及： 咽炎和扁桃体炎关系密切，咽炎的炎症如果没有得到有效控制，炎症可能会向扁桃体蔓延。例如急性咽炎患者，如果没有及时治疗，炎症可能会累及扁桃体，导致扁桃体发炎，出现咽部红肿、疼痛等症状加重的情况。