嘴溃疡的成因有多种。一般来说，约20% - 30%的嘴溃疡是由遗传因素导致的，比如父母容易长嘴溃疡，子女相对更易出现。
局部创伤因素
口腔内异物摩擦：牙齿残根、残冠或者不合适的假牙等，会不断摩擦口腔黏膜，从而引发溃疡。比如有患者牙齿有残根，长期刺激对应部位口腔黏膜，就容易反复长溃疡。咬伤口腔黏膜：吃饭时不小心咬到舌头、颊黏膜等，也会形成创伤性溃疡，这种情况在进食过快、说话时不小心等情况下容易发生。
营养缺乏因素
维生素缺乏：当人体缺乏维生素B2、维生素B12、叶酸等维生素时，容易出现嘴溃疡。例如长期挑食、节食的人，很可能因为维生素摄入不足而长溃疡，有研究发现，维生素B2缺乏者发生嘴溃疡的概率比正常人高。微量元素缺乏：像锌、铁等微量元素缺乏也与嘴溃疡有关。锌参与人体多种代谢过程，缺乏锌时会影响细胞的正常修复等功能，进而引发溃疡。
免疫系统因素
免疫力下降时：当人体免疫力低下时，比如感冒、过度疲劳、睡眠不足等情况，身体的免疫系统不能很好地抵御病原体等，就容易让口腔内原本潜伏的病毒等活跃起来，导致嘴溃疡。例如换季时，很多人因免疫力暂时下降而长嘴溃疡。自身免疫性疾病相关：一些自身免疫性疾病，如白塞病等，也会表现为反复的嘴溃疡，同时可能伴有眼部、生殖器等部位的病变。这类疾病需要专业医生进行诊断和治疗。