嘴巴溃疡的原因有多种。一般来说，大约有20% - 30%的嘴巴溃疡与遗传因素有关，如果父母容易长口腔溃疡，子女患口腔溃疡的概率也会相对较高。
一、局部创伤因素
口腔内咬伤： 比如吃东西时不小心咬到口腔黏膜，就很容易引发溃疡。这种情况在进食速度快、咀嚼不细致的人群中较为常见。例如，有人吃饭时说话，导致牙齿误咬到颊侧黏膜，之后就会在被咬的部位形成溃疡。尖锐牙尖刺激： 口腔内如果有过于尖锐的牙尖、残根或者不合适的假牙等，长期摩擦口腔黏膜，也会引起溃疡。比如有患者的牙齿有残根，边缘比较锐利，长期刺激牙龈附近的黏膜，就会反复出现溃疡。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B族（尤其是B2）、维生素C等时，容易引发口腔溃疡。比如长期饮食不均衡，只爱吃肉类、油炸食品，而蔬菜水果摄入过少的人，就容易缺乏维生素，进而出现嘴巴溃疡。一般来说，维生素B2缺乏还可能伴随口角炎等表现。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素的缺乏也与嘴巴溃疡有关。锌参与人体多种代谢过程，缺乏锌时，会影响细胞的正常修复等功能，从而增加口腔溃疡的发生几率。有研究发现，口腔溃疡患者的唾液中锌含量往往低于正常人群。
三、免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，会攻击自身的口腔黏膜组织，导致溃疡形成。例如，患有白塞病的患者，除了嘴巴反复溃疡外，还可能出现眼部、生殖器等部位的病变，这就是免疫系统异常攻击多部位组织引发的。在一些免疫力低下的人群中，如长期熬夜、过度劳累的人，也更容易受到口腔溃疡的“青睐”。
四、其他因素
精神因素： 长期精神紧张、焦虑、压力过大等会影响人体的神经调节和免疫系统，从而增加嘴巴溃疡的发生风险。比如学生在考试期间，由于精神高度紧张，容易出现口腔溃疡；上班族工作压力大时，也可能频繁长溃疡。内分泌变化： 女性在月经周期前后、妊娠期等特殊时期，体内激素水平发生变化，也可能诱发口腔溃疡。例如，有些女性在月经前会明显感觉到口腔溃疡容易发作，这与体内雌激素水平的波动有关。