嘴上溃疡的原因有多种。一般来说，约20%-30%的嘴上溃疡与病毒感染有关，比如单纯疱疹病毒感染就容易引发嘴上出现成簇的小水疱，进而破溃形成溃疡。
一、创伤性因素
口腔内刺激： 牙齿咬伤、不合适的假牙摩擦等都可能导致嘴上溃疡。比如不小心咬到嘴唇内侧，就会在被咬的部位形成创伤性溃疡，这种溃疡通常边界清晰，周围黏膜红肿。刷牙过度： 刷牙时用力过猛，过度刷洗嘴唇周围的黏膜，也可能造成损伤引发溃疡，一般这种情况导致的溃疡面积相对较小。
二、营养不良因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B₂、维生素B₁₂等时，容易出现嘴上溃疡。比如长期挑食、偏食的人，很可能因为维生素摄入不足而引发嘴上溃疡。有研究表明，维生素B₂缺乏会影响黏膜的正常代谢，从而增加溃疡发生的几率。微量元素缺乏： 像锌元素缺乏也与嘴上溃疡有关系。锌在人体的生长发育、免疫等方面起着重要作用，缺乏锌时，口腔黏膜的修复能力下降，容易长溃疡。
三、免疫因素
自身免疫性疾病： 如白塞病，就会出现反复发作的嘴上溃疡，同时还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等症状。白塞病是一种慢性自身免疫性疾病，其发病机制与自身免疫系统异常攻击自身组织有关。免疫力低下： 当人体免疫力低下时，比如感冒、过度疲劳等情况下，就容易受到病原体侵袭，从而引发嘴上溃疡。例如，熬夜后人体免疫力下降，就比较容易长嘴上溃疡。