肛瘘最典型的症状是肛周反复流脓、肿痛等。一般来说，肛瘘患者会出现肛周反复流脓的情况，脓液量时多时少，而且肛瘘外口会间断性地有肿痛感，当脓液排出后，肿痛可能会暂时缓解，但容易反复发作。
肛周流脓情况
分泌物特点： 肛瘘患者的肛周会有脓性分泌物排出，这些分泌物的颜色通常为黄色、白色等，质地可能较为黏稠。有的患者每天排出的脓液量可能在数毫升到数十毫升不等，而且分泌物会刺激肛周皮肤，引起瘙痒等不适。
肿痛表现
发作频率： 肛瘘患者的肿痛症状会间断发作。一般来说，当肛瘘内口感染，脓性分泌物引流不畅时，就容易出现肿痛。有的患者可能每隔几周就会发作一次肿痛，而有的患者发作频率可能更高。肿痛程度： 肿痛的程度因人而异。轻度的肿痛可能只是肛周轻微的坠胀感和隐痛，而重度的肿痛可能会让人坐立不安，影响正常的行走和生活。而且肿痛发作时，可能还会伴有发热等全身症状，不过一般体温不会太高，多在38℃以下。
其他伴随症状
肛周瘙痒： 由于肛瘘不断有脓液流出，刺激肛周皮肤，很多肛瘘患者会出现肛周瘙痒的症状。患者会不自觉地搔抓肛周皮肤，长期搔抓可能会导致肛周皮肤破损、增厚等。排便异常： 部分肛瘘患者可能会出现排便不畅的情况，尤其是高位肛瘘，因为肛瘘病变可能会影响肛管的正常功能，导致排便时感觉费力。不过这种排便异常一般不是很严重，但也会给患者带来一定的困扰。