治疗结肠炎的药物选择需根据具体类型而定，一般来说，氨基水杨酸制剂是常用的有效药物之一，比如柳氮磺吡啶，适用于轻中度溃疡性结肠炎，约60%左右的轻中度患者使用后能得到较好的症状缓解。
氨基水杨酸制剂类
5-氨基水杨酸制剂： 这类药物能在肠道局部发挥作用，抑制炎症反应。例如美沙拉嗪，有口服剂型也有栓剂、灌肠剂等局部用药形式。口服美沙拉嗪一般可用于治疗轻中度结肠炎，栓剂和灌肠剂则更适用于病变局限在直肠或乙状结肠的患者。柳氮磺吡啶： 是比较传统的氨基水杨酸制剂，通过分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶发挥作用，对轻中度结肠炎有一定疗效，但部分患者可能会出现过敏等不良反应，比如皮疹、恶心等。
糖皮质激素
全身性糖皮质激素： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度结肠炎患者可考虑使用。如泼尼松，一般起始剂量为每日40 - 60mg，症状缓解后逐渐减量。但长期使用可能会带来较多副作用，像骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等。局部糖皮质激素： 对于病变局限在直肠、乙状结肠的结肠炎患者，可使用布地奈德灌肠剂等局部糖皮质激素。局部用药相对全身性用药副作用较少，能在局部发挥抗炎作用，减轻肠道炎症。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或有激素依赖的结肠炎患者。一般需要服用数月后才逐渐起效，常见的副作用有骨髓抑制，表现为白细胞减少、血小板减少等，还可能有肝损害等，用药期间需要定期监测血常规和肝功能。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于结肠炎的治疗，同样存在骨髓抑制等副作用，使用时需密切监测相关指标。
生物制剂
抗肿瘤坏死因子-α抑制剂： 如英夫利西单抗等，对于重度难治性结肠炎有较好的疗效。但这类药物价格相对较高，并且可能会增加感染结核等机会性感染的风险，使用前需要进行结核菌素试验等相关检查排除感染结核的可能。