治疗结肠炎并没有绝对最有效的药，需根据具体类型等选择。一般来说，氨基水杨酸制剂是常用的，像柳氮磺吡啶，它能在肠道内分解出5-氨基水杨酸，发挥抗炎作用，对轻、中度的溃疡性结肠炎有一定疗效。
氨基水杨酸制剂类
美沙拉嗪：有口服剂型也有栓剂、灌肠剂等局部剂型。口服美沙拉嗪可作用于全结肠，局部剂型则更针对性地作用于直肠、乙状结肠部位的结肠炎，能缓解炎症相关症状。
糖皮质激素
泼尼松：对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中、重度结肠炎患者，泼尼松等糖皮质激素能起到快速抗炎的作用。不过长期使用可能会有一些副作用，比如骨质疏松、感染风险增加等。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤：适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者，它可以抑制免疫系统的过度反应，起到调节免疫、缓解结肠炎病情的作用，但起效相对较慢，一般需要几周甚至数月才能看到明显效果。同时，使用这类药物时要注意监测血常规等指标，因为可能会有骨髓抑制等不良反应。
生物制剂
英夫利西单抗：对于重度的、对传统治疗药物反应不佳的结肠炎患者，生物制剂英夫利西单抗有一定疗效。它通过特异性结合肿瘤坏死因子 - α来发挥作用，从而减轻肠道炎症，但这类药物价格相对较高，且使用过程中需要监测感染等情况。