治疗结肠炎并没有绝对最有效的单一药物，需根据不同类型和病情来选择。一般来说，氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂等药物常用于结肠炎治疗。比如轻中度溃疡性结肠炎常用柳氮磺吡啶等氨基水杨酸制剂，它能在肠道内分解出5-氨基水杨酸，抑制炎症反应，起效时间通常需要1-2周左右。
氨基水杨酸制剂：
柳氮磺吡啶： 适用于轻中度溃疡性结肠炎，通过在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸发挥作用，抑制炎症介质产生。但部分患者可能出现恶心、呕吐等胃肠道反应。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂，疗效与柳氮磺吡啶类似，不良反应相对较少，可用于轻中度结肠炎治疗，能局部作用于肠道炎症部位。
糖皮质激素：
泼尼松： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度及重度结肠炎患者适用，能迅速减轻炎症反应。不过长期使用可能会引起向心性肥胖、骨质疏松等副作用，一般使用时间不宜超过4-8周。布地奈德： 属于局部作用的糖皮质激素，主要用于左半结肠及直肠的结肠炎，全身不良反应相对较少，能有效缓解肠道炎症。
免疫抑制剂：
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的患者，起效较慢，通常需要3-6个月才能看到明显效果，可能会有骨髓抑制等不良反应，用药期间需定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用类似，可用于结肠炎的维持治疗，同样要注意监测血液系统等方面的不良反应。