孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性体内孕酮低常见的原因有：黄体功能不全，这是导致孕酮低比较常见的因素，女性卵巢中的黄体分泌孕酮，如果黄体功能不全，就会使得孕酮分泌不足；还有内分泌失调，比如甲状腺功能异常等内分泌疾病可能会影响孕酮的分泌；另外，如果女性存在一些不良的生活习惯，像长期熬夜、过度劳累等，也可能干扰激素的正常分泌，进而导致孕酮低。
黄体相关因素
卵巢黄体发育不全： 正常情况下，卵巢排卵后会形成黄体，黄体能够分泌雌激素和孕酮。如果黄体发育不全，其分泌孕酮的量就会减少，从而出现孕酮低的情况。一般通过检查性激素六项等可以辅助判断黄体功能。黄体期缩短： 正常黄体期一般持续约14天左右，如果黄体期缩短，那么孕酮分泌的时间也会相应缩短，导致整体孕酮水平偏低。
内分泌系统影响
甲状腺功能异常： 甲状腺是人体重要的内分泌器官，甲状腺功能减退时，会影响到体内一系列激素的平衡，可能会波及孕酮的分泌，使得孕酮水平降低。例如，临床研究发现部分甲状腺功能减退的女性存在孕酮低的情况。其他内分泌疾病： 像肾上腺疾病等也可能影响孕酮的分泌。肾上腺皮质功能亢进或减退等问题，都可能干扰到与孕酮分泌相关的内分泌调节机制，进而导致孕酮水平异常。
生活习惯方面
长期熬夜： 人体的内分泌系统有着自身的节律，长期熬夜会打乱这种节律，影响激素的正常分泌。有研究表明，长期熬夜的女性，其体内孕酮水平相比作息规律的女性更容易偏低。过度劳累： 过度劳累会使身体处于应激状态，身体的各项机能会做出相应调整，可能会影响到激素的分泌平衡，其中就包括孕酮的分泌，导致孕酮水平降低。