一般来说，生吃南瓜子较好，这既有利于药用，又能为人体补充营养物质。具体如下：
一、药用方面：南瓜子是一味中药，其味甘、性平，归胃、大肠经。生南瓜子通常在洗净晒干后可入药，有着驱虫的功效，主要应用于绦虫病、血吸虫病等病症，所以从药用角度看，生吃南瓜子更佳。
二、营养方面：生南瓜子的营养较为完整，未遭到破坏，它富含亚油酸、蛋白质、维生素E、锌、铁、钾、钙等多种营养成分，食用生南瓜子有助于为人体补充所需营养物质。
需要注意的是，患有高脂血症、高血糖、高血压等疾病的患者不适宜吃生南瓜子。而且生南瓜子也不能吃得过多，否则可能出现腹胀、腹痛等消化不良的症状。
总之，生吃南瓜子有一定好处，但食用时要考虑自身健康状况且要适量。