孕40天有褐色分泌物主要与以下因素相关：
一、先兆流产：孕早期时孕妇体内孕酮水平低，无法有力支持内膜发育，导致胎膜与子宫壁部分剥离，引起局部血管网出血，进而出现褐色分泌物。对此种情况需安排彩超、抽血检查，若发现孕酮低，遵医嘱服用黄体酮胶囊或地屈孕酮片进行保胎较为适宜。
二、宫外孕：孕早期若为宫外孕，随着胚胎在输卵管着床发育，包块增大，会致使输卵管壁损伤、破裂等，造成女性阴道有褐色分泌物。宫外孕的女性应先安排住院观察，然后通过腹腔镜手术终止妊娠，以防出现大出血情况。
三、妇科炎症感染：孕妇自身患有宫颈炎、宫颈息肉等妇科疾病时，随着孕期病情的发展或加重，也会使宫颈部位血管网破裂，导致阴道出现少量褐色分泌物。对于患有宫颈炎的女性，可先休息并暂停性生活，必要时遵医嘱口服抗宫炎胶囊改善，也可等怀孕3个月后阴道使用消糜栓治疗，而较大的宫颈息肉可在孕3个月后安排息肉摘除手术。
总结提示：孕40天出现褐色分泌物的原因多样，包括先兆流产、宫外孕、妇科炎症感染等，需根据具体情况进行相应检查和处理，以保障孕妇和胎儿的健康。