孕40天有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：孕40天时，褐色分泌物可能是先兆流产的表现。此外，还可能伴有阵发性下腹部疼痛，或腰背酸痛等症状。需要及时就医，进行超声检查、血HCG和孕酮检测等，以明确诊断。如果是先兆流产，医生会根据具体情况，采取保胎治疗措施，如卧床休息、使用孕激素等。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。孕40天时，褐色分泌物也可能是异位妊娠的表现。除了有褐色分泌物外，还可能伴有腹痛、停经后阴道流血等症状。需要及时就医，进行超声检查等，以明确诊断。如果确诊为异位妊娠，应根据病情选择保守治疗或手术治疗。
3.宫颈病变：宫颈息肉、宫颈炎等宫颈病变也可能导致孕40天时出现褐色分泌物。此外，还可能伴有白带增多、异味、性交出血等症状。需要及时就医，进行妇科检查、宫颈细胞学检查等，以明确诊断。如果是宫颈息肉，可在医生指导下进行息肉摘除术；如果是宫颈炎，可根据病情选择药物治疗、物理治疗或手术治疗。
4.其他：葡萄胎、胎停育等也可能导致孕40天时出现褐色分泌物。此外，还可能伴有其他症状，如腹痛、阴道流血等。需要及时就医，进行超声检查等，以明确诊断。
总之，孕40天有褐色分泌物是一种异常情况，需要及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情舒畅。