胎儿停育的原因有多种。据统计，大约50% - 60%的胎儿停育与胚胎染色体异常有关，这是最常见的原因之一。
染色体因素
胚胎自身染色体问题： 受精卵在形成过程中，染色体发生了异常，比如数目异常或者结构异常，这样就会导致胚胎发育不正常，最终出现停育情况。像21 - 三体综合征等染色体数目异常疾病，会极大影响胚胎正常发育。父母染色体异常： 如果父母其中一方的染色体存在平衡易位等情况，也可能遗传给胚胎，从而引发胎儿停育。例如父亲或母亲携带平衡易位染色体，传递给胎儿后，就会干扰胎儿正常的生长发育进程。
母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胎儿发育至关重要。比如黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，容易导致胎儿停育。一般在怀孕早期，孕激素水平若低于正常范围，就可能出现这种情况。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺激素分泌过多或过少，都会干扰胚胎的正常发育，增加胎儿停育的风险。全身性疾病： 孕妇患有严重的糖尿病且血糖控制不佳时，高血糖环境不利于胚胎生长；患有高血压疾病，血压长期处于较高水平，会影响胎盘的血液灌注，进而影响胎儿发育，引发胎儿停育。此外，孕妇感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，也可能导致胎儿停育。
子宫因素
子宫解剖结构异常： 子宫畸形，像纵隔子宫、单角子宫等，会影响子宫腔的正常形态和容积，使得胚胎着床和发育受到限制，容易发生胎儿停育。子宫肌瘤如果位置特殊，比如黏膜下子宫肌瘤，会影响宫腔内环境，阻碍胚胎正常生长。子宫内膜问题： 子宫内膜过薄或者过厚都不利于胚胎着床。子宫内膜薄可能是因为多次刮宫等原因导致，厚度达不到胚胎着床所需的标准；子宫内膜过厚可能与内分泌紊乱等有关，也会影响胚胎着床，增加胎儿停育的几率。
免疫因素
自身免疫异常： 孕妇自身免疫系统出现异常，产生抗磷脂抗体等自身抗体，这些抗体可能会攻击胎盘血管，影响胎盘的血液供应，从而导致胎儿停育。例如抗磷脂综合征患者，体内存在多种自身抗体，容易出现胎盘血栓形成等情况，影响胎儿发育。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，免疫系统将胚胎当作外来物进行攻击，也会引发胎儿停育。这种情况比较复杂，涉及到母体和胚胎之间的免疫平衡失调等多方面因素。