胎儿停育的原因较为复杂，约50% - 60%的胎儿停育与胚胎染色体异常有关。
染色体因素
胚胎自身染色体异常： 这是导致胎儿停育常见的原因之一。在受精卵形成过程中，可能会出现染色体数目或结构的异常，比如21 - 三体综合征等染色体数目异常情况，使得胚胎无法正常发育，从而引发胎儿停育。父母染色体异常遗传： 若父母双方有一方存在染色体平衡易位等结构异常情况，有可能遗传给胚胎，进而影响胚胎的正常发育，增加胎儿停育的风险。
母体因素
内分泌失调： 如甲状腺功能异常，甲状腺激素分泌过多或过少都会影响胚胎的发育。甲状腺功能减退时，会导致代谢减缓，影响胚胎的生长环境；而甲状腺功能亢进时，也可能对胚胎造成不良影响。另外，黄体功能不全也是常见原因，黄体分泌的孕酮不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的支持，容易引起胎儿停育。子宫异常： 子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等，会使子宫腔形态异常，不利于胚胎着床和生长。子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响宫腔内环境，阻碍胚胎发育。子宫内膜炎等子宫炎症也会破坏子宫内膜的容受性，增加胎儿停育的几率。
免疫因素
自身免疫性疾病： 例如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，患者体内会产生自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎，导致免疫排斥反应，从而引发胎儿停育。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，使得母体免疫系统将胚胎视为外来物进行攻击，影响胚胎的正常发育，导致胎儿停育。
环境因素
化学物质接触： 孕妇长时间接触一些有毒有害的化学物质，如苯、甲醛等，这些物质可能会损害胚胎细胞，干扰胚胎的正常发育过程，增加胎儿停育的发生风险。辐射暴露： 过量的辐射，像长时间接触X射线等，会对胚胎的细胞造成损伤，影响胚胎的生长和发育，容易引发胎儿停育。