胎儿停育的原因较多，据统计，约50% - 60%的早期胚胎停育是由于染色体异常导致的。
染色体因素
胚胎自身染色体异常： 这是最常见的原因之一。受精卵在发育过程中，染色体发生数目或结构的异常，使得胚胎无法正常生长发育，最终导致停育。比如常染色体数目异常，像21 - 三体、18 - 三体等情况。父母染色体异常： 若父母双方有一方染色体存在平衡易位、倒位等结构异常，也可能遗传给胎儿，影响胎儿正常发育，增加胎儿停育的风险。
母体因素
内分泌失调： 如黄体功能不全，女性体内孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，怀孕12 - 16周的胎盘功能不全也可能导致激素分泌异常，从而引发胎儿停育。甲状腺功能异常，无论是甲亢还是甲减，都会影响胎儿的生长发育，增加胎儿停育几率。例如甲状腺素分泌不足时，会影响胎儿的神经系统和骨骼发育。全身性疾病： 孕妇患有严重的糖尿病未控制好、高血压、心脏病心功能不全等疾病，会使胎盘血流减少，影响胎儿供氧和营养供应，导致胎儿停育。比如患有严重糖尿病的孕妇，高血糖环境不利于胎儿正常发育。
子宫因素
子宫解剖异常： 子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，会影响子宫腔的形态和容积，不利于胚胎着床和发育。子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响宫腔内环境，阻碍胚胎生长。较大的子宫肌瘤可能会压迫胚胎，影响其血供。子宫内膜病变： 子宫内膜炎会破坏子宫内膜的正常结构和功能，影响胚胎着床。宫腔粘连会使宫腔有效面积减小，限制胚胎的生长空间，增加胎儿停育风险。
免疫因素
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体、抗核抗体等自身抗体，这些抗体可导致胎盘血管血栓形成，影响胎盘血供，使胎儿缺氧，进而引发胎儿停育。例如抗磷脂抗体综合征的孕妇，发生胎儿停育的几率相对较高。同种免疫异常： 母体对胎儿免疫耐受不足，导致母体免疫系统攻击胚胎，引发免疫排斥反应，造成胎儿停育。