胎儿停育的原因较为复杂，常见的有以下几方面。据临床统计，染色体异常是导致胎儿停育的重要原因之一，大约50% - 60%的早期胎儿停育与染色体异常相关，包括染色体数目异常和结构异常。
染色体因素
染色体数目异常： 比如常见的三体综合征，像21 - 三体、18 - 三体等，胎儿染色体数目出现异常，会影响胚胎的正常发育，从而导致停育。染色体结构异常： 如染色体缺失、易位等情况，也会干扰胚胎的基因表达和发育进程，引发胎儿停育。
母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，就容易造成胎儿停育。一般来说，黄体期孕激素水平低于正常范围，就可能存在风险。全身性疾病： 孕妇患有一些严重的全身性疾病，如严重的糖尿病未控制好、高血压、心脏病心功能不全等，会影响胎盘的血液灌注，使得胎儿得不到充足的营养和氧气供应，进而导致胎儿停育。
子宫因素
子宫解剖异常： 有些女性存在子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育空间。另外，子宫肌瘤如果体积较大，突向宫腔，也会影响胚胎的生长环境，增加胎儿停育的几率。子宫内膜病变： 子宫内膜过薄或者患有子宫内膜炎等病变，会影响胚胎的着床和种植，导致胎儿无法正常发育而停育。
免疫因素
自身免疫异常： 孕妇自身存在免疫抗体，如抗磷脂抗体等，这些抗体可能会攻击胎盘组织，破坏胎盘的血液循环，使胎儿失去营养供应和保护，最终引发胎儿停育。同种免疫异常： 母体对胎儿的免疫排斥反应过强，也会干扰胚胎的正常发育，导致胎儿停育的发生。