早上起床脸肿眼睛肿可能由以下原因导致：
一、急性肾炎。患者若患有急性肾炎，通常会出现局部疼痛、胀热等不良症状。部分患者会有脸肿眼睛肿的表现，且在早上起床时尤为明显。这是因为急性肾炎会影响肾脏的正常功能，导致水钠潴留，从而引起身体各部位的水肿，包括脸部和眼部。
二、结膜炎。当细菌进入眼部可使患者患上结膜炎。眼睛结膜中的小血管发炎时会变粗变红，肉眼下更为显著。严重时甚至会致使患者早上起床出现脸肿眼睛肿的情况。此时可在医生指导下使用妥布霉素滴眼液、氧氟沙星滴眼液等药物进行治疗。这些药物能够起到抗菌消炎的作用，缓解结膜炎的症状，进而减轻脸肿和眼肿。
三、缺铁性贫血。早上起床脸肿眼睛肿还有可能是缺铁性贫血引起的。若患者患有缺铁性贫血，会导致局部血液循环不畅，进而出现这类不良症状。可及时在医生指导下使用硫酸亚铁、右旋糖酐铁等药物进行治疗。这些药物有助于补充铁元素，改善贫血状况，从而缓解因贫血导致的脸肿眼睛肿。
总结：早上起床脸肿眼睛肿可能是急性肾炎、结膜炎、缺铁性贫血等因素造成的，不同原因有不同的症状特点和治疗方法，需根据具体情况进行诊断和治疗。