肾盂肾炎的治疗药物选择需根据病情来定，一般常用抗生素治疗，比如急性肾盂肾炎通常需要抗感染治疗10~14天左右。
抗生素药物选择
革兰阴性杆菌为主的感染： 常用的有喹诺酮类药物，如氧氟沙星等，它对革兰阴性杆菌有较好的抗菌作用。还有头孢菌素类，像头孢呋辛，对多种革兰阴性菌有效。复杂肾盂肾炎的用药： 如果是复杂肾盂肾炎，可能需要用更强效的抗生素，比如碳青霉烯类，如亚胺培南 - 西司他丁，它对多重耐药的革兰阴性杆菌有很好的抗菌活性，但一般是在病情较严重、普通抗生素效果不佳时使用。
对症治疗药物
发热、疼痛对症处理： 对于发热、疼痛明显的患者，可使用解热镇痛药，如对乙酰氨基酚，它能缓解发热和疼痛症状，成人常用剂量下一般能有效降低体温、减轻疼痛，但要注意按照说明书或医嘱使用，避免过量。多饮水促进恢复： 患者要大量饮水，每天饮水量最好在2000毫升以上，通过增加尿量来冲洗尿道，帮助炎症消退，这是一种非药物的重要辅助措施。
特殊人群用药注意
孕妇肾盂肾炎： 孕妇患肾盂肾炎时用药需谨慎，要选择对胎儿影响小的抗生素，如阿莫西林等，因为孕妇的身体状况特殊，一些抗生素可能会通过胎盘影响胎儿发育，所以必须在医生的严格指导下选择合适的药物。儿童肾盂肾炎： 儿童患肾盂肾炎时，用药要根据体重等情况调整，一般会选择相对安全的抗生素，如头孢克肟等，但剂量要严格按照儿童的体重来计算，不能自行随意用药，必须在儿科医生的指导下进行。