慢性肾盂肾炎的治疗药物选择需根据病情等因素决定，一般常用抗生素来控制感染，比如喹诺酮类药物中的氧氟沙星等，通常需要持续用药一段时间来有效控制感染。
抗生素的选择
喹诺酮类药物：氧氟沙星等喹诺酮类药物对肾盂肾炎常见致病菌有较好抗菌作用，能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。不过，18岁以下患者一般不建议使用此类药物，因为可能影响骨骼发育。半合成青霉素类：像阿莫西林等半合成青霉素类药物也可用于慢性肾盂肾炎治疗，它通过抑制细菌细胞壁合成发挥杀菌作用。但对青霉素过敏者禁用。
联合用药情况
当病情较为复杂，单一抗生素效果不佳时可能会考虑联合用药。比如对于一些耐药菌感染的情况，可能会联合使用两种不同作用机制的抗生素，不过具体的联合方案需由医生根据患者的具体病情、细菌培养及药敏结果等来制定。
辅助治疗相关药物
有时候可能会用到一些辅助改善症状的药物。比如当患者伴有尿频、尿急等膀胱刺激症状时，可能会短期使用M受体阻滞剂，不过这类药物的使用也需要严格遵循医嘱，因为其有一定的副作用，像可能会引起口干等不适。同时，患者在治疗过程中还需要注意休息，多饮水，保持尿液通畅，这对病情的恢复也很重要。