子宫内膜异位症的发生原因目前尚未完全明确，不过有几种主要因素比较被认可。其中，经血逆流是一个重要因素，据统计，大约10% - 15%的女性存在经血逆流的情况，在逆流的经血中，子宫内膜细胞有可能种植到其他部位，进而引发子宫内膜异位症。
经血逆流相关情况
经期活动影响：经期进行剧烈运动、性生活等，会增加经血逆流的概率。比如经期剧烈跑步，就可能让子宫内膜细胞更容易随着经血逆流到盆腔等部位。生殖道异常：如果存在生殖道畸形，像处女膜闭锁、阴道闭锁等，会阻碍经血正常排出，从而加重经血逆流，使得子宫内膜细胞更易异位种植。
遗传因素作用
家族遗传倾向：有研究发现，子宫内膜异位症具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有该病，那么其他女性患病的风险可能会增加。比如母亲患有子宫内膜异位症，女儿患病的风险比正常人群要高一些。基因相关影响：某些特定基因的突变可能与子宫内膜异位症的发生有关，不过具体的基因作用机制还在进一步研究中。
免疫调节异常
免疫系统功能：人体的免疫系统在正常情况下能够识别和清除异位的子宫内膜细胞，但如果免疫系统出现异常，比如免疫监视功能低下，就无法有效清除异位的子宫内膜细胞，导致其在异位部位生长，引发子宫内膜异位症。炎症反应参与：异位的子宫内膜细胞会引发局部炎症反应，炎症细胞因子等会促进子宫内膜细胞的种植、黏附和生长，进一步加重子宫内膜异位症的病情。例如，一些炎症因子会改变局部的微环境，有利于子宫内膜细胞的存活和增殖。