早晨起来有痰，可能由慢性咽炎、慢性扁桃体炎、支气管炎等引发，具体情况如下：
一、慢性咽炎：若长期存在受凉、疲劳、营养不良等状况致机体免疫力降低，就极易受到细菌或病毒感染，从而引发咽部黏膜炎症形成慢性咽炎。患者在夜间睡眠时因用口呼吸会刺激咽部黏膜使其分泌物增多，进而导致早上起来喉咙有痰的现象，同时还会伴有鼻塞、咽痛、咳嗽等症状。
二、慢性扁桃体炎：当长期受辛辣食物刺激、维生素缺乏、感冒等因素影响致机体免疫力下降，此时受到细菌或病毒感染就容易诱发扁桃体炎症。且夜间以副交感神经兴奋为主，会使咽喉部黏膜分泌物增加，喉咙分泌物夜间淤积，常表现为早上起来喉咙有痰。
三、支气管炎：主要是因细菌和病毒的反复感染，或空气污染、吸烟等导致气管、支气管黏膜及其周围组织出现非特异性炎症。支气管炎会产生白色粘液状痰液，且痰液粘稠不易咳出。夜间可因体位和副交感神经兴奋使排痰量增多，常出现早上起来有咳嗽、咳痰的症状。
总结：早晨起来有痰可能是以上多种疾病引起，每种疾病都有其特定的诱发因素和症状表现。当出现这种情况时，应注意观察其他伴随症状，以便更准确地判断病因，必要时及时就医进行诊断和治疗。