怀孕40天通常可以进行药物流产。药物流产的最终成功率约为90%，有10%的人可能最终需手术清宫。
一、药物流产的条件：
1.时间限制：怀孕49天以内可在门诊做药物流产。
2.检查要求：做药物流产前必须到医院，进行阴道分泌物检查和妇科B超检查。只有阴道分泌物结果正常，确诊为宫内孕，且孕囊大小与停经天数相符，无药物禁忌症时，才可进行药物流产。
二、药物流产的用药：
药物流产是通过药物终止妊娠，一般采用米非司酮配伍米索前列醇片。米非司酮在家服用，第3日到医院在医生监督下口服米索进行药流，看到妊娠囊或绒毛组织排出后可回家，并口服益母草颗粒促进宫内残留蜕膜和积血排出。若2周后仍有阴道出血，需到医院做B超检查，观察宫腔内有无残留组织，再决定是否清宫。
三、药物流产后的注意事项：
做完药物流产后应多休息，一个月内避免性生活和盆浴。若没有怀孕打算，应做好避孕措施，以免对身体造成伤害。
总之，怀孕40天一般可选择药物流产，但要满足相应条件，且流产后要注意休养和做好避孕。