怀孕40天吃药进行药物流产，多数情况下能流干净，少数情况可能出现药物流产不全。具体如下：
一、药物流产的适用情况：怀孕49天内，若孕妇存在胎儿发育畸形、胎儿染色体异常等需终止妊娠的情况，可选择药物流产。孕妇需遵医嘱服用米非司酮片、米索前列醇片等药物，以促使子宫收缩，将体内胚胎排出体外。
1.米非司酮片：可使子宫蜕膜变性坏死、宫颈软化等。
2.米索前列醇片：能引起子宫收缩，帮助胚胎排出。
二、药物流产的效果：大多数情况下，药物流产可将体内胚胎排干净。但少数情况下，部分孕妇可能出现药物流产不全的现象。
(1)若发生药物流产不全，需要及时进行清宫术。
(2)若胚胎组织滞留时间过长，可能会对孕妇身体产生不良影响，如引发感染、导致子宫恢复不良等。
总之，怀孕40天药物流产有一定概率能流干净，但也可能出现不全的情况，要密切关注并根据实际情况采取相应措施。