首先，支原体肺炎和衣原体肺炎在致病原因上有所不同。支原体肺炎主要通过呼吸道传播，病原是肺炎支原体导致的肺部及呼吸道急性炎症；而衣原体肺炎主要通过呼吸道飞沫传播，且多在聚居场所人群中流行，是由衣原体感染引起的急性肺部炎症。
其次，两者临床症状表现存在差异。支原体肺炎常见症状包括发热、食欲不振、乏力、头痛、咽痛、咳嗽、畏寒、胸骨下疼痛等，多数患者初期干咳，后期有痰，婴儿会有呼吸困难和喘鸣，严重时可出现坏死性肺炎、胸腔积液、纵隔积气等并发症；衣原体肺炎患者早期表现为上呼吸道感染症状，有发热、干咳、寒战、肌肉痛、头痛、非胸膜炎性胸痛、乏力不适等症状，总体来说，衣原体肺炎症状相对支原体肺炎较轻。
最后，在治疗环节上二者也不一样。支原体肺炎治疗强调综合治疗，首选抗菌药物为大环内酯类，如阿奇霉素；而红霉素或多西环素是衣原体肺炎的首选抗菌治疗药物。
总之，支原体肺炎和衣原体肺炎在致病原因、临床症状表现和治疗方法上都有各自特点，应注意区分和针对性治疗。
关键点信息：致病原因不同，支原体肺炎主要经呼吸道传播，病原为肺炎支原体；衣原体肺炎主要经呼吸道飞沫传播，病原为衣原体。临床症状有差异，支原体肺炎症状多样且严重时并发症多，衣原体肺炎症状相对较轻。治疗方法各异，支原体肺炎首选大环内酯类药物，衣原体肺炎首选红霉素或多西环素。