首先，支原体肺炎和衣原体肺炎在致病原因上有所不同。支原体肺炎主要通过呼吸道传播，是由肺炎支原体引发的肺部及呼吸道急性炎症；而衣原体肺炎主要通过呼吸道飞沫传播，多在聚居场所人群中流行，是由衣原体感染导致的急性肺部炎症。
其次，两者临床症状表现存在差异。支原体肺炎常见症状包括发热、食欲不振、乏力、头痛、咽痛、咳嗽、畏寒、胸骨下疼痛等，多数患者初期干咳，后期有痰，婴儿会出现呼吸困难和喘鸣，严重时可能出现坏死性肺炎、胸腔积液、纵隔积气等并发症；衣原体肺炎患者早期表现为上呼吸道感染症状，有发热、干咳、寒战、肌肉痛、头痛、非胸膜炎性胸痛、乏力不适等，总体而言，衣原体肺炎症状相对支原体肺炎较轻。
最后，在治疗环节也不一样。支原体肺炎强调综合治疗，其首选抗菌药物为大环内酯类，如阿奇霉素；而红霉素或多西环素则是衣原体肺炎的首选抗菌治疗药物。
总之，支原体肺炎和衣原体肺炎在致病原因、临床症状表现和治疗方法上都存在区别，应注意区分和准确诊治。
关键点信息：致病原因、临床症状表现、治疗方法的差异。