肺炎支原体和衣原体的区别主要在于以下几个方面：
1.生物学特性：肺炎支原体是一种没有细胞壁的原核生物，衣原体则是一种有细胞壁的原核生物。
2.传播方式：肺炎支原体主要通过飞沫传播，衣原体可以通过性传播、母婴传播等方式传播。
3.感染部位：肺炎支原体感染主要引起呼吸道症状，如咳嗽、发热等；衣原体感染除了引起呼吸道症状外，还可以引起眼部、泌尿生殖系统等部位的感染。
4.治疗方法：肺炎支原体感染一般使用抗生素治疗，如红霉素、阿奇霉素等；衣原体感染则需要根据不同的部位和病情选择不同的治疗方法，如眼部感染使用抗生素眼药水，泌尿生殖系统感染使用抗生素等。
总之，肺炎支原体和衣原体虽然都是引起肺炎的病原体，但它们的生物学特性、传播方式、感染部位和治疗方法都有所不同。因此，在诊断和治疗时需要根据具体情况进行区分。