新生儿脑积水主要表现为头颅异常增大，一般在出生后数周或数月内头颅开始迅速增大，有的患儿头围可在几周内增长2~3厘米。
头部外观变化
头颅进行性增大： 正常新生儿头围约33~35厘米，而脑积水的新生儿头围会明显超出正常范围，且增长速度较快，可能在1个月内头围增加1~2厘米以上。患儿的头颅看起来比正常新生儿的头大很多，颅骨变薄，头皮静脉怒张。前囟扩大且膨出： 正常新生儿前囟约1~2厘米，脑积水时前囟会扩大，并且饱满、膨出，张力增高，有时后囟和侧囟也可扩大。
神经系统表现
发育迟缓： 脑积水会影响新生儿的神经系统发育，患儿可能出现生长发育落后的情况，比如在运动、智力等方面的发育比正常新生儿慢。例如，正常新生儿3个月左右能抬头，而脑积水患儿可能到4~5个月还不能很好地抬头；在智力方面，对周围环境的反应可能相对迟钝。眼球运动异常： 部分患儿会出现眼球运动障碍，常见的是落日征，即双眼球下转，眼球下半部沉到下眼睑下方，好像“落日”一样。这是因为脑积水导致颅内压增高，压迫眼球引起的。
其他伴随症状
呕吐： 由于颅内压增高，新生儿可能会出现频繁呕吐，尤其是在进食后更容易发生。呕吐通常为非喷射性，但随着病情进展可能变为喷射性呕吐。嗜睡或烦躁不安： 患儿可能出现精神状态的改变，有的表现为嗜睡，总是处于睡眠状态，不容易唤醒；有的则表现为烦躁不安，哭闹不止，对外界刺激比较敏感。