治疗口腔溃疡的药物有多种，常见的如西瓜霜喷剂，一般使用后能在较短时间内缓解疼痛、促进愈合。
局部外用药物
口腔溃疡散：主要成分有青黛、白矾、冰片等，具有清热敛疮的作用，直接撒在溃疡面上，能起到消炎止痛、促进溃疡愈合的效果，一般使用后几分钟内可能就能感觉到疼痛有所减轻。重组人表皮生长因子凝胶：能促进皮肤与黏膜创面组织修复过程中的DNA、RNA和羟脯氨酸的合成，加速创面肉芽组织的生成和上皮细胞的增殖，从而缩短创面的愈合时间。通常每天使用1-2次，涂抹于溃疡表面即可。
含漱类药物
氯己定含漱液：它是一种广谱抗菌剂，能有效抑制口腔内的细菌生长。使用时取适量含漱，每次含漱30秒左右，每天含漱2-3次，可以帮助减少口腔内的细菌，预防溃疡部位感染，一般使用后能感觉到口腔清爽，但要注意长期使用可能会使牙齿着色。康复新液：能通利血脉，养阴生肌。内服可以用于瘀血阻滞，胃痛出血，胃、十二指肠溃疡；外用可以用于金疮、外伤、溃疡、瘘管、烧伤、烫伤、褥疮之创面。用于口腔溃疡时，用康复新液含漱，一次10-20毫升，含漱1-2分钟后咽下，一天3-4次，能促进溃疡面的愈合。
维生素类药物
维生素B₂片：如果口腔溃疡是因缺乏维生素B₂引起的，补充维生素B₂可能有帮助。人体缺乏维生素B₂时易出现口角炎、唇炎、舌炎、口腔溃疡等症状。一般来说，成人每天服用3次，每次1-2片，但要注意按推荐剂量服用，过量服用可能会出现一些不良反应。孕妇及哺乳期妇女需在医生指导下使用。