治疗口腔溃疡的药物有多种，常见的如含漱剂、含片、散剂等。一般来说，局部用药是常用的方式，能较快缓解症状。
含漱剂类药物
氯己定含漱液： 它是一种广谱抗菌剂，可减少口腔内的细菌滋生。使用时取适量含漱，一般每天含漱2 - 3次，每次含漱1分钟左右。它能帮助清洁口腔，抑制引起口腔溃疡的部分病菌，但对真菌等其他病原体的作用相对较弱。康复新液： 能促进口腔溃疡创面的愈合。用它含漱时，每次含漱10 - 15毫升，每天含漱3 - 4次。它可以改善创面微循环，加速坏死组织脱落，促进新生肉芽组织生长。
含片类药物
西地碘含片： 主要成分是分子碘，在唾液作用下逐渐释放出碘，有杀菌抗感染的作用。含服时，一次1片，一日3 - 5次。它可以直接作用于口腔溃疡部位，起到一定的消毒杀菌效果，但对碘过敏者禁用。地喹氯铵含片： 能吸附在口腔和咽喉黏膜表面，改变细菌细胞膜的通透性，从而发挥杀菌作用。含服，一次1片，每隔2 - 3小时含服1次。它对多种口腔病菌有抑制作用，可缓解口腔溃疡引起的疼痛等不适，但个别患者可能会出现恶心、胃部不适等不良反应。
散剂类药物
冰硼散： 由冰片、硼砂、朱砂、玄明粉等组成，有清热解毒、消肿止痛的功效。使用时取少量散剂涂抹于口腔溃疡表面，一天可涂抹数次。它能减轻口腔溃疡的红肿疼痛，但孕妇慎用，因为其中的朱砂含有汞元素，可能对胎儿有一定影响。珠黄散： 主要成分有珍珠粉、人工牛黄等，具有清热解毒、祛腐生肌的作用。将珠黄散适量吹敷于口腔溃疡处，一日2 - 3次。它适用于热毒内盛所致的口腔溃疡，但对药物成分过敏者禁用。
局部涂抹类药物
口腔溃疡散： 由青黛、白矾、冰片等组成，能清热敛疮。用消毒棉球蘸取适量口腔溃疡散涂于溃疡面，每日2 - 3次。它可以促进口腔溃疡的愈合，不过在使用过程中要注意避免接触眼睛等黏膜部位。重组人表皮生长因子凝胶： 能促进皮肤与黏膜创面的愈合。将凝胶涂抹于口腔溃疡表面，一日1 - 2次。它通过促进细胞的增殖、迁移等过程来加速溃疡愈合，但对凝胶成分过敏者禁用。