肛周脓肿形成的根本原因在于肛隐窝的感染进而引发肛腺感染。肛隐窝是位于齿线处开口朝上的结构。有时粪便擦伤或稀薄粪便及脏物留存于肛隐窝内，当人体抵抗力较弱时，就会引发局部感染。因为部分肛隐窝下方有肛腺管开口，感染会顺着肛腺蔓延，扩散至括约肌之间，一旦进入此处，便能四通八达，可向外、向上、向下等多种途径发展，从而形成各种类型的脓肿和瘘管。
一、肛周脓肿的根本原因：肛隐窝感染引起肛腺感染。
1.肛隐窝：是处于齿线位置且开口朝上的构造。
2.感染引发：粪便等因素导致肛隐窝感染，在抵抗力差时易引发，且会顺着肛腺管蔓延。
二、感染后的发展情况：感染扩散至括约肌间后可多向发展。
1.扩散途径：可向外、向上、向下等。
2.形成结果：形成各种类型的脓肿和瘘管。
总之，肛周脓肿形成的最关键因素是肛隐窝和肛腺的感染，后续会因感染的扩散而出现多种不同的情况。