肛门直肠周围脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的患者是因为肛腺阻塞感染导致。
肛腺感染相关因素
肛腺解剖特点： 肛腺开口于肛窦，肛窦形似漏斗，容易存留粪便及细菌，从而引发肛腺感染。当肛窦受到损伤，比如大便干结擦伤肛窦时，就更容易让细菌侵入肛腺。肛腺阻塞： 腹泻、便秘等情况都可能导致肛窦发生炎症，进而引起肛腺导管水肿、阻塞，使得肛腺内分泌物引流不畅，细菌在腺体内大量繁殖，最终引起感染，感染蔓延至肛门直肠周围间隙就形成了脓肿。
全身抵抗力下降因素
营养不良人群： 长期营养不良的人，身体的免疫功能会受到影响，对细菌的抵御能力减弱，更容易受到肛腺感染的侵袭而引发肛门直肠周围脓肿。比如一些贫困地区长期以单一食物为主，营养不均衡的人群，患该病的风险相对较高。患有全身性疾病人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，机体的抗感染能力下降，白细胞的吞噬作用受到影响，容易发生肛门直肠周围感染形成脓肿。还有艾滋病患者，自身免疫系统遭到破坏，也极易出现各种机会性感染，包括肛门直肠周围脓肿。
医源性因素
直肠操作损伤： 在进行直肠镜检查、肠镜检查时，如果操作不当，可能会损伤直肠壁，导致细菌侵入直肠周围组织引发感染。例如，检查时用力过猛或者器械选择不合适，就有可能造成直肠黏膜及周围组织的损伤，从而引发感染形成脓肿。肛周手术并发症： 如肛瘘手术过程中，如果处理不当，也可能导致肛门直肠周围组织感染，进而形成脓肿。另外，痔疮手术如果术后护理不佳，也有引发肛门直肠周围感染形成脓肿的可能。