男性感染衣原体后，部分人可能没有明显症状，而有症状的人，常见的尿道症状较为突出。一般来说，男性感染衣原体后1-3周左右可能出现症状。
尿道方面的症状
尿道刺痒： 会感觉尿道内有轻微的瘙痒感，这种瘙痒程度因人而异，有些人可能只是偶尔感觉到，而有些人可能会比较明显，持续存在。尿道分泌物： 晨起时可能会发现尿道口有少量稀薄的分泌物，呈浆液性或者黏液性，有时候分泌物会黏住尿道口，造成晨起排尿时的轻度不适。
生殖系统相关症状
附睾炎： 部分男性感染衣原体后可能引发附睾炎，表现为附睾部位肿胀、疼痛，触摸时疼痛较为明显，阴囊可能会有坠胀感，严重时阴囊皮肤会出现红肿现象，影响正常的行走和活动。前列腺炎： 少数男性可能出现前列腺炎相关症状，如会阴部坠胀不适，排尿时可能有尿频、尿急的感觉，但一般不像细菌感染引起的前列腺炎那样症状特别剧烈，不过也会对生活造成一定影响。
其他可能的表现
性功能影响： 长期的衣原体感染如果没有得到有效治疗，可能会对男性的性功能产生一定影响，比如出现勃起功能障碍等情况，但相对来说这种情况发生的概率不是特别高，但一旦出现会对患者的生活质量造成较大影响。影响生育： 衣原体感染如果波及到生殖系统，可能会影响精子的质量和活力等，从而对男性的生育功能产生不良影响，虽然不是所有感染衣原体的男性都会出现生育问题，但确实存在这样的潜在风险。