疤痕妊娠主要是由于既往有子宫手术史，使得受精卵着床在子宫瘢痕处引起的。比如有过剖宫产史的女性，发生疤痕妊娠的风险相对较高。据统计，有过一次剖宫产史的女性再次怀孕时发生疤痕妊娠的概率约为1.5%左右。
子宫手术史相关因素
剖宫产术后： 剖宫产手术会在子宫肌层留下瘢痕组织。当受精卵着床时，由于瘢痕处的子宫肌层弹性和血供与正常子宫肌层不同，受精卵可能会选择在瘢痕处着床。多次剖宫产的女性，子宫瘢痕情况可能更复杂，发生疤痕妊娠的几率会进一步增加。子宫肌瘤剔除术等子宫手术： 进行过子宫肌瘤剔除术等子宫手术的女性，子宫肌层也会形成瘢痕。虽然这类手术导致疤痕妊娠的概率相对剖宫产术后低，但也存在受精卵着床在手术瘢痕处的可能。
受精卵游走及着床异常因素
受精卵游走： 正常情况下，受精卵会通过输卵管到达子宫腔着床。但如果受精卵游走速度过快，或者输卵管的蠕动等功能异常，受精卵还未来得及到达正常的子宫腔着床位置，就可能在经过子宫瘢痕处时着床。子宫内膜容受性改变： 一些因素可能导致子宫内膜容受性发生改变，使得受精卵更倾向于在子宫瘢痕处着床。比如子宫内膜炎等疾病，会影响子宫内膜的正常状态，干扰受精卵的正常着床位置选择，增加在瘢痕处着床的风险。
其他潜在因素
内分泌因素： 体内激素水平的异常也可能与疤痕妊娠的发生有关。例如，孕激素水平如果出现异常，可能会影响受精卵的正常着床位置。如果孕激素水平不足，可能无法很好地支持受精卵在正常子宫腔内膜着床，从而增加在子宫瘢痕处着床的几率。辅助生殖技术相关： 接受辅助生殖技术受孕的女性，相对来说发生疤痕妊娠的风险也可能有所增加。这可能与辅助生殖技术操作过程中对子宫内环境的干预等多种因素有关，但具体机制还在进一步研究中。