手足口病主要是由肠道病毒引起的，其中肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A16型（CoxA16）是最常见的病原体。超过80%的手足口病病例是由这两类病毒引发的。
病毒传播途径
通过密切接触传播： 病毒可以通过直接接触患者的口鼻分泌物、疱疹液或粪便传播。比如，与手足口病患儿共用餐具、毛巾、玩具等都可能被感染。经呼吸道飞沫传播： 患者打喷嚏、咳嗽时产生的飞沫中带有病毒，其他人吸入后就有可能被感染。一般在相对封闭的环境中，这种飞沫传播的风险会更高。
易感人群特点
儿童是高发人群： 尤其是5岁以下儿童更容易得手足口病。因为他们的免疫系统还没完全发育成熟，对肠道病毒的抵抗力较弱。据统计，约有90%的手足口病患者年龄在1 - 5岁之间。免疫力低下人群： 除了儿童，一些免疫力低下的成年人，比如患有艾滋病等免疫缺陷疾病的人，也可能感染肠道病毒引发手足口病，但相对儿童来说发病率较低。
流行季节规律
夏秋季节高发： 手足口病通常在每年的4 - 9月比较多见，尤其是5 - 7月达到发病高峰。这是因为夏季气温较高，适合肠道病毒存活和传播，而且儿童在夏季户外活动增多，接触病毒的机会增加。不同地区略有差异： 在南方地区，由于气候较为湿润温暖，流行时间可能相对更长一些；北方地区一般在夏季相对集中出现病例。