鼻窦炎与过敏性鼻炎可以从症状表现、发病时间、伴随症状来区分。一般来说，鼻窦炎的鼻塞、流涕症状持续超过12周，而过敏性鼻炎多呈季节性或常年性发作。
症状表现区别
鼻塞情况： 鼻窦炎引起的鼻塞通常比较严重，且持续时间较长，可能是单侧或双侧鼻塞，鼻腔内分泌物较多且黏稠。而过敏性鼻炎的鼻塞程度相对较轻，呈间歇性，接触过敏原时鼻塞明显，脱离后可能缓解。流涕特点： 鼻窦炎患者流的鼻涕多为脓性或黏脓性，颜色发黄或发绿。过敏性鼻炎的鼻涕一般是清水样的，量较多。
发病时间差异
鼻窦炎： 急性鼻窦炎通常是在感冒后7 - 10天左右发病，病程一般不超过12周。慢性鼻窦炎则是症状反复发作，病程超过12周。过敏性鼻炎： 季节性过敏性鼻炎多在特定季节发作，比如春季花粉季、秋季蒿草季等。常年性过敏性鼻炎则是全年都可能发作，不过在晨起时症状往往更明显。
伴随症状不同
鼻窦炎： 除了鼻塞、流涕外，还常伴有头痛，头痛有一定的时间规律，比如急性上颌窦炎一般是晨起轻，午后重；慢性鼻窦炎的头痛相对不那么典型，但也会有头部闷痛、胀痛等情况。另外，还可能伴有嗅觉减退。过敏性鼻炎： 主要伴随症状是打喷嚏，每天数次阵发性发作，每次多于3个，还常伴有眼睛痒、流泪等眼部症状，部分患者可能有咽部不适等症状，但一般没有明显头痛和嗅觉减退（除非合并鼻窦炎）。