结肠炎的引发原因较多，其中感染因素较为常见，比如约15%的结肠炎患者是由细菌、病毒或真菌等感染引起的。另外，自身免疫因素也可能导致结肠炎，像溃疡性结肠炎就被认为与自身免疫系统异常攻击肠道黏膜有关。还有遗传因素也有一定影响，有研究发现某些遗传基因会增加患结肠炎的风险，比如有家族史的人群患病几率比无家族史者高2~4倍。
感染因素相关
细菌感染： 一些特定的细菌，如大肠埃希菌等，如果进入肠道并大量繁殖，就可能引发肠道炎症反应，从而导致结肠炎。比如在不卫生的饮食环境下，食用了被这些细菌污染的食物，就容易受到感染引发结肠炎。病毒感染： 像诺如病毒等病毒感染肠道后，也会破坏肠道的正常黏膜和功能，引发结肠炎。通常在人群密集的场所，病毒容易传播，进而增加感染结肠炎的风险。
自身免疫因素相关
免疫系统异常： 人体的免疫系统本应保护身体，但当自身免疫功能出现紊乱时，免疫系统会错误地将肠道黏膜当作外来入侵的物质进行攻击，长期的这种攻击就会导致肠道黏膜受损，引发结肠炎。例如溃疡性结肠炎患者，其免疫系统持续对肠道黏膜进行攻击，使得肠道不断出现炎症、溃疡等病变。
遗传因素相关
基因遗传倾向： 研究表明，某些基因的突变或异常会增加个体患结肠炎的易感性。如果家族中有直系亲属患有结肠炎，那么其他家族成员携带相关易感基因的概率会相对较高，也就更容易患上结肠炎。比如父母一方患有结肠炎，子女患病的几率比普通人要高出一定比例。