直肠肛管周围脓肿最常见的病因是肛腺感染。肛腺位于直肠肛管周围，其开口于肛窦，而肛窦易受粪便等污染及损伤，当粪便损伤肛窦后，细菌易侵入肛腺，感染沿肛腺管蔓延至直肠肛管周围间隙，从而引发脓肿。从年龄角度，各年龄段均可发病，但青少年因肛腺发育等特点可能相对更易受影响；性别方面无显著特异性差异；生活方式上，长期久坐、便秘或腹泻等可致肛窦受刺激，增加肛腺感染风险，例如长期便秘者粪便干结易损伤肛窦，为细菌侵入提供途径；有肛周疾病病史者，如肛窦炎等，会使肛腺感染引发直肠肛管周围脓肿的几率升高，需注意预防肛窦感染等情况以降低发病可能。
