药流20天后仍有褐色分泌物，要依据具体情况在医生指导下使用相应药物。具体如下：
一、妇科炎症：
1.若药流20天因护理不当发生感染，导致宫腔出现炎症，进而引发长时间褐色分泌物未净。此时需进行相关检查，可采取药物消炎抗菌治疗。比如，可使用甲硝唑片、盐酸左氧氟沙星胶囊等西药，也可选择妇炎康片、金刚藤胶囊等中成药。
二、宫内积血：
1.若药流后宫腔内有积血未排尽，也可能致使药流20天还有褐色分泌物，可在医生指导下适当服用活血化瘀的药物，如益母草颗粒、新生化颗粒、少腹逐瘀颗粒等。
三、宫内残留物：
1.药流有药流不全的可能性。若检查出宫腔内有残留物，当残留物面积较小时，可选择新生化颗粒等药物进行活血化瘀治疗，并需定期复查。
2.若宫内残留物面积相对较大，保守治疗效果不理想时，建议进行清宫手术处理。清宫后要遵医嘱服用甲硝唑片、头孢克肟胶囊等药物进行消炎抗菌治疗，同时可配合新生化颗粒等药物进行活血化瘀治疗，还要定期复查以观察子宫恢复情况。在治疗期间，还应注意休息，保持饮食清淡，药流后1个月内要忌生冷、忌烟酒，禁止性生活。
总之，当药流20天后仍有褐色分泌物时，要明确原因，采取针对性的措施进行处理，同时要注意相关事项，以促进身体恢复。