三岁宝宝反复高热39℃通常多见于急性上呼吸道感染、幼儿急疹、肺炎等情况，需要有针对性地采取物理治疗和药物治疗等措施。
一、物理治疗。当宝宝反复高热达39℃时，要确保宝宝有充足的休息以及多喝水。还可以运用物理降温的方式，比如温水擦浴，在进行温水擦浴时，可着重对宝宝的腹股沟、腋窝、前胸、后背等部位多擦拭几次，这样能更有效地帮助退热；也可以使用贴退热贴的方法。
二、药物治疗。
1.对于急性上呼吸道感染，在早期多数是病毒感染，并没有特效的抗病毒药物，主要是进行对症处理。若继发了细菌感染，则需在医生指导下口服抗生素药物，如头孢拉定颗粒、头孢克肟颗粒等。
2.幼儿急疹也是采取对症处理，在高烧39℃时需要及时口服退热药，像布洛芬颗粒、布洛芬混悬液等。
3.对于细菌性肺炎，可以口服抗生素药物，比如阿莫西林颗粒、头孢拉定颗粒等。
4.支原体肺炎则可口服大环内酯类抗生素药物，如克拉霉素颗粒、罗红霉素颗粒等。
总之，三岁宝宝出现反复高热39℃的情况，要及时明确原因，并根据具体疾病采取相应的治疗措施，同时要密切观察宝宝的病情变化，如有异常应及时就医。